記憶をなくし、自分が何者かがわからぬまま、次々と降りかかる絶体絶命の危機を、超人的な戦闘能力で跳ね返すジェイソン・ボーン。彼の活躍を描いて世界中で大ヒットしたアクション・シリーズの完結編が、ついに公開される！
幕開けはロシアだ。凍てつくモスクワでも警官隊に追われるボーンは、負傷した身を自ら手当てするために病院に潜入。追ってくる警官たちを撃退し、モスクワの闇へと姿をくらます。
その6週間後、イギリスの大手新聞「ガーディアン」の一面をボーンの写真が飾ることに。ロスという記者が、CIAの内部告発に基づき、トレッドストーン計画と、これに代わるブラックブライアー計画に関する取材を進めていたのだ。
パリでこの新聞を手にしたボーンは、すぐさまロンドンへと飛び、この記事に関する情報を得るため、ロス記者をウォータールー駅に呼び出す。一方、CIAもまた情報をキャッチし、ロス記者を尾行していた。かくして、ロス記者と彼が掴んだ情報をめぐり、ボーンとCIAが早くもウォータールー駅で激突する。だが、これはまだ、これからはじまる壮絶な戦いの第1幕に過ぎなかった──。
