1973年に小松左京の同名ベストセラー小説を、当時としては史上最高の5億円を投じて映画化。動員650万人、興行収入40億円（現在に換算すると興収80億円以上）となる大ヒットを記録した『日本沈没』が、33年ぶりにリメイクされスクリーンに戻ってきた。
主人公を演じるのは、映画『黄泉がえり』や『ホテルビーナス』に主演し、SMAPのなかでも演技派といわれる草なぎ剛と、今年2月に公開された『県庁の星』や、2007年公開予定の『どろろ』など、話題作に次々と出演する柴咲コウ。監督には、平成『ガメラ』シリーズの特技監督として知られ、『ローレライ』で長編映画を初監督し、鮮烈デビューを飾った樋口真嗣と、この映画ならではの、最強の組み合わせが実現した。
物語はまさに、日本沈没のカウントダウンと共に進行していく。アメリカ測地学会の博士が日本沈没の可能性を唱える。余命は40年。未曾有の国難に、首相をはじめ各閣僚はため息をもらすが、実はこの仮設は正しくはなかったのだ。本当に正しい情報。それは日本の地球科学博士の田所の口から告げられる。
彼の算出によれば、沈没までの残された時間はわずか1年弱。「聞くに値しない妄言」と一蹴する他の科学者の発言をしり目に、各地で不穏な自然災害が相次ぎ、日本は少しずつ沈みはじめる……。
こうした中で描かれてゆくのが、映画の冒頭で運命的な出会いをする、深海潜水艦のパイロットの小野寺（草なぎ剛）と、東京消防庁のハイパーレスキュー隊員の阿部（柴咲コウ）のラブストーリーだ。互いに惹かれ合い、心の底では共に歩みたいと願うが、国が消えようとする中で、2人にはそれぞれ、やらなくてはならない任務があった。
ほかにも未曾有の危機を背景に、さまざまな人間ドラマが交錯。見る者の胸を熱くさせる。その一方で、もう一つの大きな見どころになっているのが、視覚効果を駆使して描かれる自然災害の驚異。ゴジラやガメラなどの怪獣映画では、東京都庁や渋谷の街など、人気スポットが次々と破壊され話題になったが、この映画ではそれを上回るスケールで、京都の清水寺や国会議事堂などが次々と崩壊してゆくのだ。
